1                ! number of trait loci (I8) [you will have just one]
traitnam 3       ! trait locus name (A8), number of liability classes (I8)
101      0.90    0.90    0.10    ! liab. class (I8), 3 penetrances (3F8.5)
201      0.10    0.10    0.90    ! liab. class (I8), 3 penetrances (3F8.5)
102      0.95    0.95    0.05    ! liab. class (I8), 3 penetrances (3F8.5)
202      0.05    0.05    0.95    ! liab. class (I8), 3 penetrances (3F8.5)
103      0.99    0.99    0.00    ! liab. class (I8), 3 penetrances (3F8.5)
203      0.01    0.01    1.00    ! liab. class (I8), 3 penetrances (3F8.5)


_____________________________<bottom of file>______________________________

Please see the penetrance format file for a full description of this file format.

The comments, that appear from the '!' onwards, are of course disregarded
and optional. In this example, an affected person in liability class #1
should, in the pedigree data file, have the value 201 in their first
quantitative variable, i.e., the first piece of data after the last 
marker genotype for that person. Then, for example, the penetrance for the 
2/2 genotype at the trait locus for that person will be 0.90 .

Adding liability classes to the pedigree may require one to adjust the format
listing on the second line of the pedigree data file to indicate that there
is this additional data item immediately after the last marker genotype.
Recall, however, that in this format listing all variables must be read in
as character strings, that is, using the 'A' edit descriptor, for example,
using A8.

One last reminder, since the liability class information is in the first 
quantitative variable, be sure and set batch item #18 to (at least) 1. This 
batch item tells SimWalk2 how many quantitative variables need to be read in.